Los objetivos del SEPUNA son:

a. Contribuir a la formación superior disciplinaria, interdisciplinaria, multidisciplinaria y transdisciplinaria de estudiantes y profesionales, mediante procesos rigurosos de investigación, análisis y reflexión conducentes a la generación de nuevos conocimientos y a un mayor desarrollo personal, profesional y de compromiso con la sociedad.

b. Organizar los estudios de profundización en una oferta académica viable, flexible y actualizada. Ésta comprende actividades, cursos, especializaciones, maestrías, doctorados y posdoctorados.

c. Promover el desarrollo de conocimientos científicos, artísticos y tecnológicos, así como destrezas, habilidades y actitudes, con una orientación humanística, en correspondencia con las necesidades de los diferentes sectores sociales, dentro del marco de las prioridades institucionales de la Universidad Nacional.

d. Impulsar el desarrollo de iniciativas y actividades de cooperación:

i.    Entre los posgrados y las unidades académicas y facultades a que están adscritos.

ii.    Entre los distintos posgrados de la UNA.

iii.    Con los posgrados de otras instituciones de educación superior, nacionales y extranjeras.

iv.    Con instituciones y organizaciones sociales.